Архив рубрики: Программирование

Program solutions for biodiversity studies

О redwiki.ru, технические новости Kgbase

Помимо вчерашнего существенного обновления баз данных, стоит отметить еще несколько частных дополнений и изменений, касающихся проекта Kgbase и дочернего проекта redwiki: Читать далее

PESI Taxon Match Tool: быстрая сверка

Ранее (в заметке про симпозиум в Нижнем Новгороде) на этом сайте уже упоминался европейский инфраструктурный проект PESI (Pan-European Species directories Infrastructure ). Рассказ о данном проекте в целом мог бы быть очень обширным. Однако пока я ограничусь описанием лишь одного инструмента, предоставляемого порталом проекта. Инструмент в своем роде уникальный, и, как мне кажется, может быть чрезвычайно полезен любому специалисту по биоразнообразию: PESI Taxon Match Tool. Читать далее

Scratchpads: начало

В прошлый раз (http://kgbase.ru/?p=243) мной был рассмотрен «глобальный» сервис GBIF, сделан неутешительный вывод о его применимости только в научном «энтерпрайзе» («корпорациях» — больших научных организациях с большими ресурсами) и дано обещание рассказать о «старшем брате» KGBase — системе, также ориентированной скорее на «малый и средний научный бизнес», но гораздо более «продвинутой» и с более широкими возможностями (хотя местами — с «дурной наследственностью»). С радостью выполняя данное обещание, начинаю рассказ о Scratchpads.

Читать далее

GBIF приходит в Россию. Медленно.

Неоднократно упоминавшаяся в заметках на данном сайте, но мало кому известная и почти не используемая в России информационная система «The Global Biodiversity Information Facility (GBIF: http://www.gbif.org/)» (Глобальная информационная система по биоразнообразию) постепенно внедряется в работу некоторых отечественных учреждений. В прошлом году в Московском университете состоялся первый семинар, посвященный сотрудничеству российского научного сообщества и GBIF. По сообщению координаторов такого сотрудничества, уже «целых» три российских научных института зарегистрировались в системе и начали публиковать свои «наборы данных» (datasets в терминологии системы). Безусловно, мне, тоже зарегистрированному в этой системе — также приятно оказаться в столь немногочисленной, но авторитетной компании. В октябре же этого года планируется провести еще один семинар в Институте проблем экологии и эволюции им. А.Н. Северцова. Не смотря на то, что до семинара осталось менее месяца, информацию о нем найти почти невозможно. Ее нет ни на сайте института, ни на портале GBIF. Мне довелось узнать о нем достаточно окольным путем и получить информационное письмо с не активной ссылкой на страницу регистрации. Остается только догадываться, с чем связан конспиративный характер данной встречи.

Тем не менее, видя хоть и чрезвычайно вялое, но отчетливо видное встречное движение GBIF и российского сообщества специалистов по биоразнообразию, хотелось бы высказать свою точку зрения на перспективы и практическую целесообразность такого сближения. Тем более, что в русскоязычном сегменте интернета просто отсутствуют критические обзоры данной системы — есть лишь немногие упоминания, больше похожие на рекламные объявления. С учетом этого краткий обзор функционала системы, описание возможных плюсов и минусов работы с ней — могут быть полезны тем, кто имеет желание начать сотрудничество с GBIF.
Читать далее

Проект KGBase: Roadmap

Некоторый опыт развития и использования проекта KGBase позволяет наметить некоторую «дорожную карту» его развития в понимании автора. Итак, идея проекта возникла в середине-конце 2012 года (за несколько месяцев до начала работы автора в Богдинско-Баскунчакском заповеднике). На основе имеющегося опыта изучения биоразнообразия появилось огромное желание отойти от «традиционных» биологических баз данных, представляющих собой обычно «простыню» в Microsoft Access, не имеющую никаких адекватных средств фильтрации данных и получения итоговых отчетов по запросу (как максимум — запросы и формы внутри все той же базы данных, без возможности внешнего доступа). Именно таким был по сути и Кадастр редких и охраняемых растений Волгоградской области, разработанный автором в далеком 2009 году и поддерживаемый до 2013 г. С начала разработки проекта были сформулированы критические условия, которым должно соответствовать создаваемое приложение:

Читать далее

KGBase снова на GitHub

Обновлен репозиторий системы управления данными о биоразнообразии KGBase в «социальной сети для разработчиков» GitHub: https://github.com/kgbase/KGBase. Ссылка на репозиторий постоянно доступна на странице Файлы этого сайта.

 К сожалению, система контроля версий Git пока не внедрена окончательно в практику разработки KGBase. Однако публичный репозиторий системы содержит последние проверенные версии входящих в систему веб-приложений. Представленный исходный код предназначен для свободного изучения и использования в соответствии с указанной лицензией (GNU GPL v.3). Все заинтересованные в разработке системы могут оставлять на странице репозитория запросы и предложения по исправлению, улучшению и дополнению системы. Разработчики могут непосредственно участвовать в развитии программного кода, направляя запросы на изменение кода или создав собственную ветвь разработки, а также используя представленный код в своих проектах.

Новая версия KGBase — 1.0

По мере накопления изменений, улучшений и дополнений в системе управления данными о биоразнообразии KGBase стала очевидной необходимость публичного выпуска новой версии программного кода системы. Первоначально (http://kgbase.ru/?p=116) выпуск планировался на начало текущего года, однако по целому ряду причин был отложен. Однако, работы не прекращались, и, хоть и с опозданием, разработчик проекта готов представить KGBase v. 1.0. Изменения интерфейса представления баз данных на данный момент соответствуют исходному коду системы, непосредственно используемой на данном сайте в разделе «Базы данных».

Читать далее

Развитие проекта KGBase/GDBase

Тихо и незаметно вышел второй выпуск системы управления данными фотонаблюдений GDBase, являющейся ответвлением основного проекта системы управления данными о биоразнообразии KGBase. Новая версия системы дополнена многими возможностями, исправлены многие недостатки первой пробной версии. Основные изменения в новой версии GDBase 2.0:
Читать далее

простейшая система авторизации

Для служебных нужд написан небольшой «велосипед» — простейшая система авторизации пользователей и разделения ролей, не требующая наличия сервера БД. Данные пользователей хранятся в простом текстовом файле, защищенном директивой deny from all в  .htaccess. Самостоятельная регистрация пользователей не предусмотрена. Управление доступом реализовано через механизм сессий средствами PHP5.

Система может быть полезна прежде всего для простой организации управления доступом к ресурсам, предназначенным для небольшого и заранее известного круга лиц, в том числе в корпоративном интранете. Код системы может быть использован без ограничений на условиях Стандартной общественной лицензии GNU (GPLv3).

Посмотреть на работу системы и скачать исходные файлы можно на демо-странице. Предварительно зарегистрированные пользователи (логин/пароль/роль): basily/12345/editor, liza/repeat yourself/admin, lord/Death Star/sith :).

GeoSpace PHP class — визуализация геоданных

Геоданные — важнейшая часть данных о биоразнообразии, поскольку последнее является частным свойством геопространства.  Без геопространственной привязки данные о биоразнообразии не имеют существенной ценности.

Однако геоданные в непосредственном из виде (как массив координат точек в геопространстве) сложны для восприятия их человеком, в связи с чем в пользовательском интерфейсе используются различные методы визуализации геоданных — их визуального наложения наложения на изображение геопространства.

Наиболее распространенный способ визуализации геоданных в веб-интерфейсе — использование программного интерфейса открытых картографических сервисов (Google Maps, Яндекс.Карты, Open Street Maps и др.). Однако данный способ имеет целый ряд недостатков. Прежде всего, работа веб-интерфейса в данном случае зависит от сторонних сервисов, их API и его изменений. Визуализация данных связана с передачей их третьему лицу (стороннему сервису), что также не всегда приемлемо. Кроме того, невозможно использование собственной топографической основы для визуализации данных. В связи с этим в данном проекте было принято решение отказаться от использования таких сервисов, предоставляя геоданные пользователю в прямом виде и оставляя их визуализацию на его усмотрение.

Тем не менее, вопрос о визуализации геоданных в системе не был полностью закрыт. Как альтернатива указаннному выше подходу рассматривалось динамическое создание графических файлов карт на статической топооснове. Итогом разработки такого метода стал PHP класс GeoSpace, предназначенный для визуализации геоданных в формате KML (Keyhole Markup Language) на основе статических растровых карт.

Возможности и механизм работы класса:

  • Класс наносит на растровое изображение карты массив данных топографических объектов: точек, линий и полигонов. Для каждого объекта указываются его тип и координаты в соответствии со стандартом KML (что позволяет легко формировать такой массив из kml-файла или подготовленных для него данных).
  • Карта строится с учетом проекции изображенного геопространства. В данный момент класс работает с картами в проекции Меркатора (эллиптической), могут быть добавлены функции для работы с иными проекциями.
  • Основной метод (функция) класса gsp_drowmap включает в себя: нанесение произвольной надписи на карту; отрисовку топообъектов линиями и точками произвольного цвета и размера; отображение линий и полигонов в зависимости от их размера относительно карты и указанного пользователем минимального размера топообъекта (точки) — либо в виде точки, либо в виде линий.

Исходный текст класса и пример его использования доступны здесь: скачать PHP class GeoSpace. Как и KGBase, данный класс распространяется под свободной лицензией GPL v.3. В ближайшее время класс будет встроен в интерфейс представленных здесь баз данных биоразнообразия.