Архив рубрики: Программирование

Program solutions for biodiversity studies

KGBase — жизнь продолжается

В течение длительного времени на этом сайте отсутствовали существенные обновления. Тем не менее, автор продолжал активно работать как над изучением биоразнообразия отдельных групп насекомых, так и над разработкой проекта KGBase. Отрадно сообщить, что наступило время показать результаты этой работы.

Читать далее

О redwiki.ru, технические новости Kgbase

Помимо вчерашнего существенного обновления баз данных, стоит отметить еще несколько частных дополнений и изменений, касающихся проекта Kgbase и дочернего проекта redwiki: Читать далее

PESI Taxon Match Tool: быстрая сверка

Ранее (в заметке про симпозиум в Нижнем Новгороде) на этом сайте уже упоминался европейский инфраструктурный проект PESI (Pan-European Species directories Infrastructure ). Рассказ о данном проекте в целом мог бы быть очень обширным. Однако пока я ограничусь описанием лишь одного инструмента, предоставляемого порталом проекта. Инструмент в своем роде уникальный, и, как мне кажется, может быть чрезвычайно полезен любому специалисту по биоразнообразию: PESI Taxon Match Tool. Читать далее

Scratchpads: начало

В прошлый раз (http://kgbase.ru/?p=243) мной был рассмотрен «глобальный» сервис GBIF, сделан неутешительный вывод о его применимости только в научном «энтерпрайзе» («корпорациях» — больших научных организациях с большими ресурсами) и дано обещание рассказать о «старшем брате» KGBase — системе, также ориентированной скорее на «малый и средний научный бизнес», но гораздо более «продвинутой» и с более широкими возможностями (хотя местами — с «дурной наследственностью»). С радостью выполняя данное обещание, начинаю рассказ о Scratchpads.

Читать далее

GBIF приходит в Россию. Медленно.

Неоднократно упоминавшаяся в заметках на данном сайте, но мало кому известная и почти не используемая в России информационная система «The Global Biodiversity Information Facility (GBIF: http://www.gbif.org/)» (Глобальная информационная система по биоразнообразию) постепенно внедряется в работу некоторых отечественных учреждений. В прошлом году в Московском университете состоялся первый семинар, посвященный сотрудничеству российского научного сообщества и GBIF. По сообщению координаторов такого сотрудничества, уже «целых» три российских научных института зарегистрировались в системе и начали публиковать свои «наборы данных» (datasets в терминологии системы). Безусловно, мне, тоже зарегистрированному в этой системе — также приятно оказаться в столь немногочисленной, но авторитетной компании. В октябре же этого года планируется провести еще один семинар в Институте проблем экологии и эволюции им. А.Н. Северцова. Не смотря на то, что до семинара осталось менее месяца, информацию о нем найти почти невозможно. Ее нет ни на сайте института, ни на портале GBIF. Мне довелось узнать о нем достаточно окольным путем и получить информационное письмо с не активной ссылкой на страницу регистрации. Остается только догадываться, с чем связан конспиративный характер данной встречи.

Тем не менее, видя хоть и чрезвычайно вялое, но отчетливо видное встречное движение GBIF и российского сообщества специалистов по биоразнообразию, хотелось бы высказать свою точку зрения на перспективы и практическую целесообразность такого сближения. Тем более, что в русскоязычном сегменте интернета просто отсутствуют критические обзоры данной системы — есть лишь немногие упоминания, больше похожие на рекламные объявления. С учетом этого краткий обзор функционала системы, описание возможных плюсов и минусов работы с ней — могут быть полезны тем, кто имеет желание начать сотрудничество с GBIF.
Читать далее

Проект KGBase: Roadmap

Некоторый опыт развития и использования проекта KGBase позволяет наметить некоторую «дорожную карту» его развития в понимании автора. Итак, идея проекта возникла в середине-конце 2012 года (за несколько месяцев до начала работы автора в Богдинско-Баскунчакском заповеднике). На основе имеющегося опыта изучения биоразнообразия появилось огромное желание отойти от «традиционных» биологических баз данных, представляющих собой обычно «простыню» в Microsoft Access, не имеющую никаких адекватных средств фильтрации данных и получения итоговых отчетов по запросу (как максимум — запросы и формы внутри все той же базы данных, без возможности внешнего доступа). Именно таким был по сути и Кадастр редких и охраняемых растений Волгоградской области, разработанный автором в далеком 2009 году и поддерживаемый до 2013 г. С начала разработки проекта были сформулированы критические условия, которым должно соответствовать создаваемое приложение:

Читать далее

KGBase снова на GitHub

Обновлен репозиторий системы управления данными о биоразнообразии KGBase в «социальной сети для разработчиков» GitHub: https://github.com/kgbase/KGBase. Ссылка на репозиторий постоянно доступна на странице Файлы этого сайта.

 К сожалению, система контроля версий Git пока не внедрена окончательно в практику разработки KGBase. Однако публичный репозиторий системы содержит последние проверенные версии входящих в систему веб-приложений. Представленный исходный код предназначен для свободного изучения и использования в соответствии с указанной лицензией (GNU GPL v.3). Все заинтересованные в разработке системы могут оставлять на странице репозитория запросы и предложения по исправлению, улучшению и дополнению системы. Разработчики могут непосредственно участвовать в развитии программного кода, направляя запросы на изменение кода или создав собственную ветвь разработки, а также используя представленный код в своих проектах.

Новая версия KGBase — 1.0

По мере накопления изменений, улучшений и дополнений в системе управления данными о биоразнообразии KGBase стала очевидной необходимость публичного выпуска новой версии программного кода системы. Первоначально (http://kgbase.ru/?p=116) выпуск планировался на начало текущего года, однако по целому ряду причин был отложен. Однако, работы не прекращались, и, хоть и с опозданием, разработчик проекта готов представить KGBase v. 1.0. Изменения интерфейса представления баз данных на данный момент соответствуют исходному коду системы, непосредственно используемой на данном сайте в разделе «Базы данных».

Читать далее

Развитие проекта KGBase/GDBase

Тихо и незаметно вышел второй выпуск системы управления данными фотонаблюдений GDBase, являющейся ответвлением основного проекта системы управления данными о биоразнообразии KGBase. Новая версия системы дополнена многими возможностями, исправлены многие недостатки первой пробной версии. Основные изменения в новой версии GDBase 2.0:
Читать далее

простейшая система авторизации

Для служебных нужд написан небольшой «велосипед» — простейшая система авторизации пользователей и разделения ролей, не требующая наличия сервера БД. Данные пользователей хранятся в простом текстовом файле, защищенном директивой deny from all в  .htaccess. Самостоятельная регистрация пользователей не предусмотрена. Управление доступом реализовано через механизм сессий средствами PHP5.

Система может быть полезна прежде всего для простой организации управления доступом к ресурсам, предназначенным для небольшого и заранее известного круга лиц, в том числе в корпоративном интранете. Код системы может быть использован без ограничений на условиях Стандартной общественной лицензии GNU (GPLv3).

Посмотреть на работу системы и скачать исходные файлы можно на демо-странице. Предварительно зарегистрированные пользователи (логин/пароль/роль): basily/12345/editor, liza/repeat yourself/admin, lord/Death Star/sith :).